Vooral de "zaadjes" van komijn worden gebruikt. Deze hebben een heel sterk aroma dat zich beter ontwikkelt als ze voor gebruik even in een droge pan geroosterd en gekneusd worden.
De recepten waarin komijn gebruikt wordt zijn erg gevarieerd. In Nederland en Vlaanderen maakt men komijnekaas, in India, Griekenland en Turkije is komijn een onderdeel van kerrie en kip tandoori, en in Noord-Afrika kruidt men er tajines en couscous mee. In Turkije wordt het ook gebruikt in çörek. In Spanje wordt komijn in chorizo gedaan. In Mexico maakt het deel uit van de chili con carne en in Duitsland gebruikt men komijn samen met karwij in de likeur Kummel.
Komijn wordt vaak verward met karwij vanwege de grote overeenkomsten. Echter is karwij veel sterker van smaak in vergelijking met komijn.